苹果是果树中最易发生变异的一种。由于芽变与原来的母本在某些性状方面产生了差别因而人们常常将其视作一个新的品种。
苹果开花期因各地气候不同而有很大差异。一般在4-5月份，每花芽有花3~7朵，且中心花先开。苹果是异花授粉植物，大部分品种自花不能结实。各类结果枝的比例因树龄、品种不同而有变化。通常是幼树的长果枝和中果枝较多，随着树龄的增大，短果枝比例迅速上升，及至盛果期，一般可达70%以上，衰老期几乎完全是短果枝。从品种上看，金帅等品种的长果枝与中果枝较多，新红星、红富士等品种的短果枝比例大，辽伏等品种容易形成腋花芽。
苹果树栽后2~3年开始结果，经济寿命在一般管理条件下为15~50年，土壤瘠薄、管理粗放的只有20~30年。由于顶端优势和芽的异质性综合作用的结果，苹果通常具有较强的干性和明显的层性。因品种间的萌芽力和成枝力有差异，其层性的明显程度也不同。
苹果的花芽分化，多数品种都是从6月上旬开始至入冬前完成，整个过程分为生理分化、形态分化和性细胞成熟三个时期。花芽为混合芽，花序为伞房状聚伞花序。每个花序开花5—8朵，多为5朵，中心花先开，边花后开，以中心花的质量最好，坐果稳，结果大，疏花疏果时应留中心花和中心果，多疏边花和边花果。花芽先发叶后开花，并从果台上抽生副梢，果台副梢抽生的多少、长短随品种和结果母枝的营养条件而异。很多人似乎不了解苹果树会不会开花，其实苹果树是会开花的。