果树秋施基肥应注意要深施、要施腐熟的优质有机肥和果树专用肥。
注意有机肥要腐熟。将粪肥、草、秸秆等混合，加入适量水用稀泥封堆，然后高温堆沤处理，待肥料腐熟、养分初步分解后再施用。注意合理配方。果树对各种元素的需求有一定的比例，幼龄果树需磷量较多，一般为氮、钾的2倍，故氮、磷、钾可按1：2：1配制。进入盛果期以后，果树需要氮、钾的量较多，氮、磷、钾可按2：1：2配制。注意适量增施微肥。当微肥需求量不足时果树易患缺素症，缺铁会出现黄化病，缺锌会出现小叶病。常用的微肥有硫酸亚铁、硫酸锌及硼砂等。但要注意，硫酸亚铁直接施入土中会很快转化成不能溶解的化合物，故与有机肥同时施入效果较好。硼砂与有机肥、氮肥、磷肥等混合使用。
果树秋施基肥要以完全腐熟的有机肥或者商品有机肥为主，穴施或者沟施深施。