防治方法：1、避免大豆连作或与向日葵、油菜、杂豆、麻类进行轮作和邻作，应与禾本科作物如麦类、谷子、玉米等采取3年以上轮作，以回避菌源。2、选用无病种子。3、发病田应在收割后进行深翻，将菌核埋入土壤深层，并将病残体清出田外，减少菌源。4、大豆发病后应及时进行中耕培土，能促进生根，同时将菌核埋入土壤深层，减轻病情。
于7月中旬大豆菌核病发病初期，用40%菌核净可湿性粉剂1000倍液、50%甲基托布津可湿性粉剂500倍液;或50%多菌灵可湿性粉剂300倍液喷雾，50%速克灵可湿性粉剂公顷用量750克，25%施保克乳油1050毫升/公斤喷雾，要求植株茎杆上及地面都要喷洒均匀，根据实际情况可隔7～10天再喷一次药。
大豆菌核病防控措施是清洁田园，轮作倒茬，合理密度，提前预防。
加强肥水管理和病虫害防治。
做好选种，清园措施，合理施用防治药剂。
选用耐病品种，轮作倒茬，加强田间管理病虫害防治等。