是指采用生物技术将秸秆转化为农作物所需要的二氧化碳、热量、抗病孢子和养料。达到改善作物的生长环境，促进作物生长发育，提高植物光合效率，降低生产成本，获得高产优质无公害农产品的目的。应用方式有内置式、外置式和内外结合式3种模式。6。
秸秆在微生物菌种、净化剂等的作用下，定向转化成植物生长所需的CO2、热量、抗病孢子、酶、有机和无机养料，进而实现作物高产、优质和有机生产。
秸秆生物反应堆技术以秸秆替代化肥，以植物疫苗替代农药，密切结合农村实际，促进资源循环增值利用和多种生产要素有效转化，使生态改良、环境保护与农作物高产、优质、无公害生产相结合，为农业增效、农民增收、食品安全和农业可持续发展，提供了科学技术支撑，开辟了新的途径。