(1)前茬收获后及时清除病残体，集中深埋或烧毁，以减少初侵染源。(2)及时防治瓜类蔬菜害虫，精心操作，避免各种伤口产生，以减少该菌侵染。(3)控制好棚室或田间相对湿度，使之远离发病条件。
丝瓜果腐病主要危害果实，因此种植前将种子进行消毒，种植中配方施用，并注意排水。而在发病初期可选用百菌清或者托布津、氧氯化铜悬浮剂等药剂进行喷施防治，可以交替用药，加强防治效果。
(1)前茬收获后及时清除病残体，集中深埋或烧毁，以减少初侵染源。(2)及时防治瓜类蔬菜害虫，精心操作，避免各种伤口产生，以减少该菌侵染。(3)控制好棚室或田间相对湿度，使之远离发病条件。(4)发病初期及时喷洒36%甲基硫菌灵悬浮剂500倍液或50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、50%混杀硫悬浮剂500倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、50%利得可湿性粉剂800倍液，视病情隔10天1次，防治1次或2次。采收前3天停止用药。