猪肺疫的临床症状主要包括呼吸系统、生殖系统和免疫系统的损害。在猪只感染猪繁殖与呼吸综合征病毒后，最常见的症状是呼吸道疾病。受感染的猪只会出现咳嗽、喷嚏、流涕和呼吸困难等症状。这些症状通常会导致猪只的食欲下降，生长速度减慢，甚至发生呼吸衰竭。一些猪只可能还会出现肺炎等严重并发症，导致死亡率的增加。
除了呼吸系统的症状外，猪肺疫还会影响猪只的生殖系统。受感染的母猪可能会出现流产、胎儿畸形和产仔数下降等问题。这些都对养猪业的繁殖效益造成了重大的影响。另外，一些感染了猪繁殖与呼吸综合征病毒的母猪还可能会出现产后发热和乳汁减少等问题，导致对仔猪的护理能力下降。
猪肺疫还会对猪只的免疫系统造成损害。感染猪繁殖与呼吸综合征病毒后，猪只的免疫功能会受到抑制，这使得它们更容易受到其他病原体的感染。因此，猪肺疫常常伴随着其他细菌或病毒的二次感染，导致疾病的严重程度进一步加剧。