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柠檬上的病虫害与普通柑橘上的应该是差不多的。
柠檬疮痂病、溃疡病、煤烟病、柠檬裙腐病、柠檬树脂病、柠檬红蜘蛛、柠檬锈壁虱、蚧壳虫、蚜虫、潜叶娥等。
红蜘蛛、锈蜘蛛、蚧壳虫、蚜虫丶粉虱、潜叶蛾、凤蝶、卷叶蛾、裙腐病、蝶烟病、炭疽病、疮痂病。
柠檬果实贮藏期间的真菌病害主要有：黑腐病，酸腐病，蒂腐病，青、绿霉病，炭疽病;生理性病害主要有：干疤和水肿。
柠檬最常见的病虫害主要有疮痂病，溃疡病，树脂病，蚧壳虫，蚜虫，红蜘蛛，锈壁虱。
