病毒病会导致辣椒植株矮化、叶片出现斑点，可使用千红、特福力进行喷雾防治、疫病对植株形成危害，可使用百泰或施得益等药剂进行喷雾防治。
辣椒作为日常生活的蔬菜，市场销路较好，在辣椒的生产过程中，几乎每个阶段都会遭到病虫侵害。辣椒常见的病害主要有病毒病、疫病、灰霉病、青枯病等。
辣椒在种植过程中病虫害的预防应做到选用抗病品种、培育无毒种苗、实行轮作倒茬、加强田间水肥管理、合理灌溉、病虫发生初期采用杀虫剂、杀菌剂及时喷雾。
种植辣椒过程中，需要注意病虫害的防治，主要从田间管理来预防病虫害，种植户不仅要提高辣椒的营养水平，提升自身抵抗力，并且还需要进行药剂喷施。
防治措施：白叶枯病应该采取以防为主，以治为辅的方针。加强肥水管理，在梅雨季节，可采取湿灌法，田间不留水层，只保持湿润。
移栽前可以使用恶霜灵·锰锌进行灌根，还可以加入海精灵等生根养根剂来加强根系的活性，辣椒的需肥量较大，因此需要实时替米奥，一般在定植后半个月施肥，建议高氮水肥为主，也可以使用尿素等，还可以加入海精灵生物刺激剂，提苗更快更健壮，叶面需要喷施吡虫啉、噻虫嗪农药来预防蚜虫等害虫。
需要注意浇水策略，少量多次进行，雨季雨水过多需要排水，同时要预防疫病、青枯病等病害，病毒病预防主要预防蚜虫等传播媒介为主。
利用生物或其代谢产物来控制辣椒病虫害的发生，积极保护利用天敌，真正做到以虫治虫、以菌治虫、以菌治菌的生物防治，如利用草蛉、七星标虫等蚜绒茧蜂防治辣椒蚜虫；利用苏云金杆菌防治辣椒烟青虫，用S52卫星病毒防治青椒病毒病，利用硫酸链霉素、农用链霉素、青霉素钾盐氯霉素、农抗120等治菌。利用0.3%印楝素、柳太保等生物源农药防治虫害。叶面喷磷酸二氢钾可驱避棉铃虫、烟青虫产卵：叶面喷奥普尔有机叶面肥可以提高植株抗性，预防青椒病虫害的发生。
辣椒病害主要有辣椒病毒病、辣椒疫病、辣椒炭疽病、辣椒灰霉病、辣椒青枯病、辣椒细菌性叶斑病、辣椒白粉病，虫害有棉铃虫（幼虫为主）、烟青虫、茶黄螨、二十八星瓢虫。
辣椒虫害可采用三诱技术，即性诱剂、频振式杀虫灯、黄色诱虫板来防治，三诱技术不仅可以有效防控辣椒虫害，而且成本低、使用方便、不污染环境，对辣椒的无公害生产具有实践意义。