幼苗期为发病高峰期，棉苗在大田中，遇气温较低时，病株会出现紫红型或黄化型，而在气温急骤变化的条件下，如雨后迅速转晴、变暖、日照暴晒强烈，则容易出现青枯型的病株。
棉花枯萎病一般在现蕾期开始出现症状，花斑、落叶植株杆内呈褐色，最后可能结桃，但是不能成熟。
棉花枯萎病在苗期和成株期可表现出多种明显不同的症状，各生育期症状的共同特点是维管束出现深褐色条纹，但以定苗后至现蕾阶段发病最盛。
成株期枯萎病的常见症状是矮缩型，植株矮小、主茎、果枝、节间显著缩短，叶片深绿、皱缩不平，较正常叶片增厚，叶缘向下卷曲。