菠菜主要有菠菜猝倒病、菠菜心腐病、菠菜霜霉和病菠菜病毒病这4种病害，这些病害发病时的特征与防治方法也各有不同。以菠菜猝倒病为例，发病后菠菜幼苗茎基部呈浅褐色水渍状，然后会发生基腐，一般可用72.2%普力克水剂400倍液来防治。
菠菜病虫害有炭疽病、霜霉病、病毒病和蚜虫等。霜霉病和炭疽病可于发病初期用百菌清稀释液喷雾防治。病毒病应及时防治蚜虫等传毒媒介。蚜虫盛发期可用吡虫啉或阿维菌素喷雾防治。
菠菜心腐病。（1）发病后的特征：菠菜心腐病主要危害波菜的茎基部，叶、茎、根都会受害，在菠菜苗出土后，有一部分菠菜苗的心叶会腐烂，而有一些菠菜苗的茎基会变成褐色。（2）防治：一般在发病初期时，用72.2%普力克水剂400倍液喷雾，或者喷施36%甲基硫菌灵悬浮剂500倍液。