番茄着色不良有以下原因：
一是番茄着色不均匀主要是温度不适宜。番茄果实着色的过程是叶绿素分解和茄红素、类胡萝卜素形成的过程。当棚内温度过低或过高时，都会抑制茄红素的形成。一般来说，当棚内温度低于10℃或高于30℃时，就会影响茄红素的形成。温度在18℃-26℃时，果实着色最佳，日温高于32℃时，果实生长及成熟快，但茄红素形成受阻而影响着色。特别是甘州区进入6月夏季以来，拱棚内温度高，持续时间长，而此时番茄正好是膨大转色期，高温影响茄红素的形成，造成果面色泽发黄不红。
二是光照影响番茄的着色与光照也有着很大关系，如果种植密度过大，就会造成植株间的相互遮阳，使果实得不到充足的光照，从而造成番茄着色不良，出现绿肩果，着色不均匀。
三是施氮肥过多在番茄果实的着色期，尤其是变红阶段，施用氮肥过多，叶绿素就要增高，致使叶绿素分解推迟或减缓，影响茄红素、胡萝卜素在果实上的形成，从而影响番茄着色。氮肥过多，加重番茄果实形成绿肩现象，同时，如果钾肥不足时容易出现黄绿色果肩。
防治措施：
1.进入高温期，拱棚要注意加大通风透光，降低棚内温度。
2.定植时要保持一定的株行距，且不可定植过密。
3.在座果期，减少氮肥施用量，注意氮、磷、钾肥的配合使用，同时可在果实膨大期叶面喷施甲壳素+0.2%的磷酸二氢钾+含钙、硼等微肥促其生长均衡。