辣椒青枯病可用农用链霉素等药剂进行防治！喷雾和灌根结合，有一定的防治效果。可选用16%万家丰乳油800倍液＋20%猛克菌粉剂800倍液（或15%细菌噻呋胺800倍液）；23%络氨铜水剂400倍液+72%农用链霉素可溶性粉剂4000倍液或88%水合霉素可湿性粉剂1000～1200倍液+57.6%冠菌清干粒剂1000～1200倍液或2%加收米液剂500倍液+72%农用链霉素可溶性性粉剂4000倍液。每隔5～7天淋灌一次，连喷2～3次。
辣椒青枯病可试撒施适量的生石灰粉效果不错。
药液灌根：在发病初期开始用药液灌根，每株用药液200克左右，每隔7-10天灌1次，连续灌2-3次。绿色防治用药：可选20%噻菌铜悬浮剂（龙克菌）龙克菌300-400倍液；6%春雷霉素可湿性粉剂300-400倍液；72%新植霉素粉剂3000-4000倍液；72%农用硫酸链霉素水溶性粉剂3000-4000倍液等浇根防治。常规防治用药：72.2%霜霉威水剂（霜危、普力克）800-1000倍液；30%DT可湿性粉剂600倍液等浇根防治。
定期或不定期淋施或结合沟灌，用高锰酸钾600倍液，或硫酸铜1000倍液，或铜氨液600～800倍液，2～3次或更多，发病后继续挑治，封锁发病中心，可减轻危害。