沤根也是蔬菜育苗期常见的病害。发生沤根时，根部不发新根或不定根，无根毛，根皮发锈后腐烂，地上部表现为萎蔫。病株容易拔起，严重时成片干枯。沤根苗不长霉状物，这是与猝倒病和立枯病的不同之处。沤根是一种生理性病害，可分为两种：
一是低温沤根。地温低于12℃及持续低温时间较长，再加上浇水过多或遇连续阴雨天气，幼苗出现萎蔫，幼苗生长发育受阻，萎蔫持续时间长就会发生沤根。沤根后地上部子叶或真叶变黄绿色，叶缘开始枯焦，最后苗干枯而死。
二是高温沤根。夏季高温大雨，排水不良，苗期大水漫灌，土壤高温高湿或土壤中含有大量未腐熟的有机物，也会引起沤根和烧根。其原因是土壤透气性不良，微生物要消耗大量的氧气，造成根系呼吸困难形成窒息，以致根坏死，地上部萎蔫。
防治菜苗期沤根，应做到以下几点：
（1）加强育苗期地温管理。避免地温过低，土温以控制在16℃左右为宜。
（2）降低土壤湿度。土壤含水量控制在土壤持水量的70%~80%。
（3）控制放风时间和通风量大小。