棉花苗期管理的主攻目标就是主要围绕加强田间管理，保全苗，防病苗，促苗早发，培育壮苗，促进棉苗根系生长和地上部的正常发育，为棉花稳长、早现蕾、多现蕾打好基础，奠定高产基础。其标志是棉苗无病、棉叶发亮、茎秆粗壮。
棉花苗期病害主要有：炭疽病，立枯病等。
重点防治炭疽杆菌和立枯病。
1立枯病。该病又名黑根病、烂根病，在棉花的多个生育期均可发生。未出土前，侵染幼根、幼芽，造成烂种、烂芽；出土后染病，初呈现出黄褐色斑点于幼茎基部，后逐渐扩大，产生凹陷内缩，最后围绕嫩茎形成蜂腰状凹陷腐烂，严重时可致枯死或萎倒；成株期受害，叶片生有褐色斑点，后脱落穿孔；现蕾开花期受害，茎基部生黑褐色病斑，表皮破烂后，露出条条木质纤维，严重时茎折断而死，有时有瘤状肿起的剩余发病部位。
2炭疽病。炭疽病轻则影响生长，重则导致成片死苗。棉籽开始萌动时即可受该病菌危害，常造成棉芽水渍状腐烂，出土前已经死亡，或者棉苗子叶上生黄褐色病斑，带有红褐色边缘；幼苗受害，初在茎基部产生红褐色梭形条斑，后逐渐扩大，中间略凹陷，整体变褐色，病斑上着生红色黏性物；真叶受害，初生小黑色斑点，后扩大至暗褐色圆形或不规则病斑。若遇气候干燥，病部容易折断，叶片则破烂不堪，若遇潮湿气候，病斑表面即产生红褐色或橘红色黏质物，即病菌分生孢子团。
3猝倒病。该病对棉花的出苗、生长均有显著影响，一般先从幼嫩细根侵染，也能侵染种子和刚露白的芽，常造成烂种、烂芽及棉花小苗成片倒伏死亡。幼苗受害，初在幼茎基部贴近地面的部分出现水渍症状，严重时呈水肿状，并扩展变黄腐烂，呈水烫状而软化，迅速腐烂倒伏；地下部细根受害，则会因吸水不良而导致整株幼苗死亡，子叶也逐渐褪色，呈水渍状软化，在高湿情况下，有时病部出现白色絮状物，即病菌的菌丝。
4红腐病。该病可侵害棉花根茎、子叶、真叶及棉铃，棉苗未出土前，病菌进行危害常造成没出土的幼芽变成红褐色而烂在土中；幼苗根部受害，其根尖及侧根由黄变褐，然后腐烂并蔓延至全根，严重时棉苗枯死；叶片受害，多在边缘生有灰红色近圆形或不规则形病斑，后逐渐扩大至破裂，潮湿时表面产生粉红色霉层，即病菌孢子。
5黑斑病。该病也叫轮纹斑病，因成株期叶片受害，病斑多呈圆形或近圆形，并且有同心轮纹而得名。子叶或真叶受害，初产生红绿色小点，后逐渐扩大至红褐色病斑，边缘呈紫红色，子叶常粘结在一起；子叶叶柄受害时出现黑褐色条斑，常造成子叶脱落。病斑可干裂破碎，发病严重时，叶片上病斑可达数十个，使病叶枯焦脱落，有时叶柄受害呈黄褐色条斑，严重时常环切叶柄，造成子叶干枯脱落成光杆。
6茎枯病。棉花从幼苗到结铃各个生育时期都能受害。苗期主要危害子叶、真叶、茎和生长点，造成烂种、叶斑、茎枯、断头落叶，以致全株枯死，子叶和真叶发病最初产生黄褐色或褐色小圆点，边缘呈紫红色，扩展后病斑呈近圆形或不规则形，褐色而具有同心轮纹，表面散生许多小黑点，即病菌的分生孢子器。
防治措施。1农业防治。一是合理轮作。与禾木科作物轮作3～5年。棉田应种植水稻2～3年后再种棉花，苗期防病效果可达到50%以上。二是控制苗床水分和温度。营养钵棉苗出齐到子叶平展后，要在苗床两端揭膜通风降湿炼苗，并抢晴天晒床1～2d，晒到苗床表土发白、苗茎1/3发红，坚持晴天揭膜通风，降温散湿，17：00要盖膜保温，如果遇到低温寒潮，应该全天覆膜。三是加强田间管理。棉花移栽后要深中耕、勤中耕，以提高土温，降低土壤湿度，使土壤通气。阴雨天时，要开沟排渍，以利于根系发育。集中清除病株，以减少侵染源。