尽量不要将硫酸铵施用在水田里。因为在淹水条件下，土壤会严重缺氧，硫酸铵施用后，其中的硫酸根离子会被还原成硫化物。硫化物浓度积累过高可使植物根系受害而死亡。
硫酸铵长期施用能提高土壤的酸性，因此硫酸铵不适宜在酸性土壤上施用。在南方酸性土壤上施用时应注意配合施用草木灰或磷矿粉、钙镁磷肥等。在北方石灰性土壤上施用，应注意配合施用有机肥料。
硫酸铵可以用作基肥、种肥和追肥。作基肥时要深施覆土，以利于作物吸收。作种肥时施用量不宜过大，控制不要超过每亩3公斤。作追肥是最适宜的施用方法，要根据不同土壤类型确定硫酸铵的追肥用量。对保水保肥性能差的土壤，要分期追施，每次用量不宜过多；对保水保肥性能好的土壤，每次用量可适当多些。土壤水分多少也对肥效有较大的影响，特别是旱地，施用硫酸铵时一定要注意及时浇水。在水田作追肥时，则应先排水落干，并且要注意结合耕耙同时施用。
不能将硫酸铵肥料与其他碱性肥料或碱性物质接触或混合施用，以防降低肥效。