选抗病品种，轮作倒茬，药物防治。
关键还是靠水旱轮作、使用嫁接苗、轮茬等。
药剂灌根：发病初期在苗期和成株期分别用1%抗枯宁20毫升或用70%恶霉灵可湿性粉剂5克，对水10-15千克，每株50-150毫升/次，连灌2次；在开花初期至初果期选用50%多霉灵可湿性粉剂1000倍液灌根，每株200毫升/次，间隔7-10天，连灌2次；西瓜生长中后期用50%的异菌脲可湿性粉剂1000倍液灌根，每株400毫升/次。
选用苯来特、70%甲基托布津、敌克松500-1000倍液加新高脂膜800倍液在植株根周围浇灌，每株用药200-250毫升，间隔期7-10天，共灌2-3次。
西瓜嫁接技术可以有效的防止枯萎病的发生。
选用抗病品种，轮作倒茬和清洁育苗，发病初期选用戊唑醇、噻菌灵、农抗120、多菌灵、咪鲜胺、甲基硫菌灵等药剂进行浇根，结合病情防治1-3次。
加强肥水管理，防治病虫害。