危害扶芳藤的虫害主要有：蚜虫，夜蛾等。
蚜虫主要危害嫩梢，春季及秋季发生，在天气干旱少雨、空气干燥的情况下更易发生。蚜虫刺吸嫩梢的汁液，影响其生长速度及观赏效果。防治可用10%吡虫啉或啶虫咪2000倍液喷洒，能起到很好的防治效果。
夜蛾主要取食叶片，幼虫1～3龄在叶面吐丝拉网，从边缘取食叶片，使叶片形成缺刻；4龄后进入暴食期，出现背光性，白天栖居阴暗处，傍晚出来取食；幼虫老熟后即入土化蛹。每年7～10月为盛发期，药物防治应选在傍晚或清晨进行，幼虫期及时喷洒BT乳制500～800倍液，2.5%溴氰菊酯乳油3000～5000倍液，20%灭幼脲Ⅲ号胶悬剂500～1000倍液。