菌种拙劣
菌种的菌龄太短或太长，生长减弱，抗逆性差，在环境条件不适宜的情况下即萎缩。
温差过大
草菇的菌丝对温差较敏感。如白天气温在32℃以上，夜间在28℃以下，喷重水后，即会发生菌丝萎缩。1、高温烧菌：当培养料内的温度长时间超过45℃时，就会使菌丝萎缩死亡。
氨气危害
培养料内尿素添加过量，或田内化肥含量高，挥发出来的氨气分发不了，即对草菇菌丝造成损害。
发生害虫
培养料中发生害虫，因为害虫的咬食危害，致使菌丝萎缩。
药物影响
草菇对农药十分敏感，播种后，菇农为了防病杀虫喷洒了农药，致使菌丝因药害而萎缩。
缺氧窒息
培养料含水量过高(超过70%)，或塑料薄膜覆盖过严，使草菇菌丝因缺氧窒息而萎缩。