化学防治：使用立克秀、苯醚甲环唑悬浮种衣剂、戊唑醇悬浮种衣剂、甲基异柳磷乳油、辛硫磷乳油等拌种，返青期使用烯唑醇、苯醚甲环唑·丙环唑乳油、多抗霉素可湿性粉剂、腈菌唑乳油、氟硅唑乳油、硅噻菌铵悬浮剂、咯菌腈悬浮剂等兑水喷雾，播后1个月左右，秋苗用三唑酮（粉锈宁）或全蚀净顺垄喷洒。
农业防治：种植耐病品种、禁止从病区引种、合理轮作、平衡施肥、深翻耕地等。
一、化学防治
1、拌种
（1）播种前，用种子重量0.2%的2%立克秀拌种。严重地块可用3%苯醚甲环唑悬浮种衣剂（华丹）80ml，兑水100-150ml，拌10-12.5kg麦种，或6%戊唑醇悬浮种衣剂，按种子量的0.03%-0.05%拌种堆闷6小时后阴干播种，晾干后即可播种也可贮藏再播种。
（2）在小麦全蚀病、根腐病、纹枯病、黑穗病与地下害虫混合发生的地区或田块，可选用40%甲基异柳磷乳油50ml或50%辛硫磷乳油100ml，加20%三唑酮（粉锈宁）乳油50ml后，兑水2-3kg，拌麦种50kg，拌后堆闷2-3小时。
2、返青期防治
返青期每亩可用12.5%烯唑醇可湿性粉剂40-60g，或30%苯醚甲环唑·丙环唑乳油20-30ml，或1.5%多抗霉素可湿性粉剂80-160g+20%腈菌唑乳油45-55ml+40%氟硅唑乳油20-30ml，或12.5%硅噻菌铵悬浮剂20-30ml，或2.5%咯菌腈悬浮剂20-40ml，兑水45kg后均匀喷雾。
3、药剂灌根
（1）播种后30天左右，秋苗每亩用150-200g15%三唑酮（粉锈宁）可湿性粉剂兑水60L，或12.5%全蚀净，顺垄喷洒，次年返青期再喷一次，可有效控制小麦全蚀病，并可兼治小麦白粉病和小麦锈病。
（2）返青至起身期，小麦春苗药液灌根，用药和喷灌方法同秋苗，但注意灌根前后几天不要浇水。
二、农业防治
1、种植耐病品种
小麦种子要严格筛选，种植具有抗性的小麦良种，如烟农15号、济南13号、济宁3号等。
2、禁止从病区引种
严禁从病区引种，防止病害蔓延，对怀疑带病种子可用51-54℃温水浸种10分钟或用有效成分0.15托布津药液浸种10分钟，杀死种子表面的病原菌。
3、合理轮作
有水源地区麦稻轮作，旱地小麦与非寄主作物如棉花、甘薯、烟草等轮作可明显减轻病害；对即将衰退田，要保持小麦玉米复种或连作，促进全蚀病自然衰退。也可改种大豆、油菜、马铃薯等，能明显降低发病率。
4、平衡施肥
小麦全蚀病的发生主要是因为营养元素缺乏导致的，因此要合理施肥，多施基肥，发挥有机肥的防病作用，增施腐熟有机肥，提高土壤有机质含量，提倡施用酵素菌沤制的堆肥，这样才能避免小麦全蚀病的发生。
5、生物防治
对全蚀病衰退的麦田或即将衰退的麦田，可推行小麦两作或小麦玉米一年两熟制，以维持土壤颉抗菌的防病作用。
6、深翻耕地
小麦全蚀病是由于病菌对小麦侵袭导致的，因此在光照较好的时候对土壤进行翻耕，可以防治全蚀病。