微生物肥料与化肥之间是互补的关系，只有将微生物肥料与化肥合理搭配，才能保证农作物的健康茁壮成长，微生物肥料的使用是实现化肥减量的科学而有效的农业生产措施。微生物肥料的作用包括：增进土壤肥料、改良土壤结构、刺激作物生长发育、改善作物品质、增强作物抗病（虫）及抗逆性、减少化肥的使用量、提高肥料利用率等。它主要起间接营养的作用，一般不直接为农作物提供营养元素。
一、微生物肥料与化肥之间是互补还是兼容
1、微生物肥料与化肥之间是互补的关系。微生物肥料不能代替化肥，但能减少化肥的使用量，并提高肥料的利用率。微生物肥料可提高土壤的养分含量，因此在相同地力水平的土壤上可以减少化肥的用量，并获得相同的增产效果。可以说，微生物肥料的使用是实现化肥减量的科学而有效的农业生产措施。
2、微生物肥料具有化肥所不具备的一些特殊作用。在农业生长中，应将化肥与微生物肥料根据作物的需求和土壤的墒情，有所侧重，搭配使用，这样才能保证农作物的健康茁壮成长。它们在搭配使用时，最好是先施用微生物肥料，等3天左右再施用化肥。
二、微生物肥料的作用
1、微生物肥料的功效是一种综合性作用，一般不直接提供营养元素给农作物，主要起间接营养的作用，其作用具体包括：增进土壤肥料、改良土壤结构、刺激作物生长发育、改善作物品质、增强作物抗病（虫）及抗逆性、减少化肥的使用量、提高肥料利用率等。
2、微生物肥料，指的是以微生物的生命活动为核心，使农作物获得特定的肥料效应的一类肥料制品。它的使用不会造成有害物质在作物体内的积累，对农业生态环境无不良影响，有的还具有土壤净化剂的效果，可降低土壤中过多积累的有机物质。