概念不同：微生物菌剂是目标微生物通过工业化生产扩繁后，再利用多孔物质作为吸附剂，吸附菌体的发酵液然后加工制作的活菌制剂。微生物菌肥是通过活性微生物的生命活动使作物得到养分的新型肥料生物制品。
含量不同：微生物菌剂菌种的纯度非常高，有效活菌数的含量为≥50亿/克，微生物菌肥的有效活菌数一般为≥2000万/克。
一、概念不同
1、微生物菌剂：微生物菌剂是指目标微生物（有效菌）经过工业化生产扩繁后，利用多孔的物质作为吸附剂（比如蛭石、草炭），吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂。
2、微生物菌肥：是通过活性（可繁殖）微生物的生命活动使作物得到所需养分（肥料）的一种新型肥料生物制品。
二、含量不同
1、微生物菌剂：菌种的纯度较高，有效活菌数的含量为≥50亿/克。
2、微生物菌肥：有效活菌数一般为≥2000万/克。
三、用法不同
1、微生物菌剂：作底肥时，用量为4公斤/亩，耕地时均匀撒施；作追肥时，亩用量为1-2公斤；作种肥时可按常规育苗的用量进行拌种。
2、微生物菌肥：作底肥时，亩用1-2公斤本品与农家肥、化肥或细土混匀，然后进行撒施、沟施、穴施；用作冲施时，根据作物类型亩用1-2公斤本品与化肥混匀，然后用水稀释，随水冲施。