（1）选用抗病品种。
（2）农业防治合理轮作避免重茬，清除田间大豆残体，及时清除田间杂草，达到通风透光，降低田间湿度，收获后及时深翻。
（3）种子处理：利用杀菌剂，例如50%多菌灵可湿性粉剂与50%克菌丹可湿性粉剂1：1混合拌种可以有效降低灰斑病的危害，用量一般为种子重量的0.3%～0.4%。
（4）药剂防治：70%甲基托布津、36%多菌灵悬浮剂500倍液或40%百菌清悬浮剂600倍液、50%甲基硫菌灵可湿性粉剂600～700倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、65%甲霉灵可湿性粉剂100倍液、50%多霉灵可湿性粉剂800倍液，隔7～10天防治1次，整个生育期防治2次即可。