选择良种：选择红肉网纹甜瓜、白雪公主、随州白瓜等抗（耐）病品种和伊利沙白等早熟品种，与非瓜类作物进行5年以上轮作，最好是水旱轮作。
土壤调剂：施用酵素菌沤制的堆积肥料或充分腐熟的有机肥料。
种子消毒：浸种可用40%的福尔马林150倍的液浸种30分钟，取出后冲洗干净后再催芽播种。
药物防治：用药物进行防治。
一、甜瓜枯萎病的危害症状
甜瓜枯萎病发病初期，植株叶片从基部向顶端逐渐枯萎，中午明显，开始早晚就可以恢复，几天后植物叶片枯萎，不再恢复。茎蔓基部稍微缢缩，表皮粗糙，常有纵裂。潮湿时根茎部呈水渍状腐烂，表面经常产生白色或粉红色霉菌。病株根呈褐色，易拔起，皮层和木质部分易剥离，维管束呈褐色。发病高峰在植株开花到坐果期。
二、甜瓜枯萎病的发病条件
甜瓜枯萎病原菌的发育和侵染适温为24~25℃，最高为34℃，最低为4℃，土温为15℃的潜育期为15天，20℃为9~10天，25~30℃为4~6天，适合pH4.5~6。调查显示，秧苗老化、连作、有机肥不腐熟、土壤干燥过多或质地粘重的酸性土是该病的主要条件。
三、甜瓜枯萎病的防治方法
1、选择良种：选择红肉网纹甜瓜、白雪公主、随州白瓜等抗（耐）病品种和伊利沙白、红甘露、新蜜杂7号、巴、黄旦子、绿珍珠等早熟品种。同时，与非瓜类作物进行5年以上轮作，最好是水旱轮作。
2、土壤调剂：施用酵素菌沤制的堆积肥料或充分腐熟的有机肥料，或在土壤中添加0.5%的s-H添加剂（稻壳、蔗渣、虾壳粉等尿素、过磷酸钙、硝酸钾制作而成）可以减少枯萎病的发生。对酸性土壤施用消石灰，每亩100~150公斤将土壤pH调整为中性。
3、种子消毒：浸种可以用40%的福尔马林150倍液浸种30分钟，取出后用清水冲洗干净之后再催芽播种，也可用50%甲基硫菌灵或多菌灵可湿性粉剂浸种30~40分钟。用种子重量为0.2~0.3%的40%拌种双粉荆或50%多菌灵可湿性粉剂拌种。
4、药物防治：采用营养钵培育苗木，移植时使用双多悬浮剂（西瓜重茬剂）和神奇不朽300~350倍液灌穴，每穴0.5公斤，每亩用药一公斤。对于直播中播种和甜瓜5~6片真叶时，分别灌双多悬浮剂600~700倍液，每穴灌对好的药液0.5千克，每亩两次用药一公斤。