叶枯病 多在5—8月发生。发病时，叶部产生褐色、不规则的斑点，随后蔓延至全叶，致使全株叶片枯死。
防治方法 发病初期喷65%代森锌500倍液，或50%退菌特1000倍液，或1：1：100波尔多液防治。每10天1次，连续3—4次。
白粉病 6月下旬开始至9月高温高湿时发病严重，先从下部叶发病，叶片和茎秆上出现灰白色的白粉，后逐渐向上蔓延，后期病部出现黑色小点，严重时使茎叶变黄枯死。
防治方法 ①收获后清理田园，将残株病叶集中烧毁；②发病初期，用25%粉锈宁1500倍液，或50%托布津1000倍液喷洒，每10天1次，连喷2—3次。
根茎腐烂病 在生长期和收获时发生，发病根茎内部腐烂成黄褐色，呈水游状，有特殊的臭味，成软腐状。生长期受害后，地上部分叶片逐渐变黄脱落。
防治方法 ①发生后立即拔除病株，集中烧毁，以防蔓延；②注意排水，尤其是雨季，雨水过多，排水不良，发病严重；③在收获和选种时，剔除有病的“抚芎”和已腐烂的“苓子”。
2.主要虫害及防治方法
川芎茎节蛾 以幼虫蛀入茎秆，咬食节盘，危害苓子，使其不能作种用，严重时多半无收。
防治方法 ①在育芽和芽子贮藏期，喷80%敌百虫1000—1500倍液防治；②栽种前，用40%乐果1000倍液，浸苓子3小时后下种。
脐赠 发现时按常规防治，尤其是9—10月当幼苗生长盛期时及时防治。