喷雾器在喷完药后应立即进行清洗，特别是使用剧毒农药和除草剂后，更要立即将器械桶内清洗干净，避免下次使用时易对农作物产生毒害。
农户一般在喷完农药后，用清水反复清洗、倒置晾干即可。毒性大的农药，可用泥水反复清洗，倒置晾干。
而使用除草剂类农药后喷雾器的清洗方法有：一是泥水清洗。针对克无踪(俗称一扫光)遇土便可钝化，失去杀草活性，可在打完除草剂克无踪后，马上用泥水将喷雾器清洗数遍，再用水洗净即可。二是清水清洗。麦田常用除草剂如巨星(苯磺隆)等，在打完后，需马上用清水清洗桶及各零部件数次，然后将清水灌满喷雾器浸泡2-24小时，再清洗2-3遍，便可放心使用。三是硫酸亚铁洗刷。在喷完2，4-D丁酯后，需用0.5%的硫酸亚铁溶液充分洗刷喷雾器。